Еленската базилика е раннохристиянска трикорабна (30,50 х 17,00м), триабсидна (една по-голяма и две по-малки, странични) базилика, с триделно разчленен нартекс, диаконикон и протезис; към южната стена е долепен баптистерий, а от северната стена се спускат стълби. 

Тази църква се явява манастирска на някогашния Еленски манастир “Св. Пророк Илия”, обграждан от внушителна крепостна стена (1,60м). В ъглите на защитната стена са разположени симетрични правоъгълни отбранителни кули (7, 30 х 5, 90м).  Първите любителски проучвания в района започват около 1890г. Некомпетентното им провеждане довежда до първите археологически разкопки тук, които са проведени през 1913г. от проф. Петър Мутафчиев, който разкрива паметника до сегашното му състояние. 

Проучванията поставят датировка на манастира и прилежащата му базилика, заедно с крепостната стена –  V – VI в., времето на византийския император Юстиниян I (527 – 565). Интересно е, че храмът, първоначално безкуполна базилика, е преустроен, в средата на VI в., като е пристроен купол – рядко срещано явление в храмовата архитектура. 

Така се очертават видимо два строителни периода: средната и западната част са изграждани от ломен камък и тухли, а по-новата източна част представлява еднороден тухлен градеж с дебели фуги и спойка от червен хоросан. Днес запазените руини достигат височина 8,50 м., а по стълбищнните основи се съди, че крепостната стена е била висока 6-8 м. комплексът е обявен за паметник на културата, като върху него са извършвани твърде малки по обем консервационно – реставрационни работи. 

Понастоящем обектът е включен с списъка на ЮНЕСКО за защитени паметници на културата. В близост до тези руини могат да се видят останките на селище, за които се смята, че са от тракийския град Бурдапа. Местността Еленско е била светилище на койлалетите (тракийско племе), които към VI – V в. пр. Хр. стават част от държавата на бесите. Едно от възможните разчитания на топонима на местността предлага проф. д.и.н. Александър Фол, и именно, че името е свързано с характерна част от тракийската вяра – обредносст, тук в нейния соларен аспект, с еленът като нейн атрибут. 

Еленът се явява хипостаза на лятното слънце, т.е. неговата роля в обреднността се ситуира в Лятното слънцестоене (21 юни) и/или Пролетното равноденствие (21 март). Свещеният за траките мотив за слизането на елена (в ролята му на свещено животно, слънчева хипостаза) от Планината (в ролята й на вертикален модел на света) и доброволното му принасяне в жертва ( в тези определени периоди от годината), е фолклоризиран като легенда, обясняваща произхода на името на местността с това събитие. 

За да не изпадам тук в Тракийски Орфизъм, ще отбележа, че ролята на елена като свещено животно в тази територия се потвърждава от артефактите – открити са множество еленови рога и кости от елен. Също така, районът изобилства от тракийски могили. Във връзка с принадлежността на базиликата към ранновизантийската епоха, съществува и друго банално обяснение на произхода на топонима, чрез българизиране на етнонима “елини” от местното население. 

Във времето на Втората българска държава, Еленският манастир се превръща в книжовно средище. Бил е действащ до около 1700г., когато при един от османските походи, предвождан от Яхия паша, църквата е била обстрелвана с топове и опожарена.

Еленската базилика се намира в подножието на Златишко – Тетевенската Средна Стара планина, на десния бряг на Еленска река, в местността Еленско източно от Пирдоп.